Así como es una de las áreas de mayor diversidad biológica, en el planeta, es una de las que corren mayores peligros. Los cambios en el clima producen ascensos en los niveles del mar, que a su vez conducen a una intrusión de sal en las aguas frescas, convierten el delta del Mekong uno de los tres deltas más vulnerables en la Tierra, según el más reciente del Panel Internacional sobre Cambio Climático.